Inmediatamente, se organizó la iglesia "La Santísima Trinidad", en la calle Sol, donde en los días del 7 al 10 de marzo de 1902, bajo la presidencia del obispo John M. Walden, se efectuó la Primera Reunión Anual de la Misión Puertorriqueña. El interés educativo movió a los representantes metodistas a crear el Instituto Washington, una escuela para huérfanos que tuvo muy poca duración. Al cabo de cuatro años de esfuerzos, comprendieron la necesidad de preparar ministros nacionales. De Hato Viejo surgió el primer predicador local, Juan Vázquez, quien juntamente con Genaro Cotto, tomó un adiestramiento de cinco años, llegando ambos al diaconado.

Allá para el 1901 se fundó en Puerta de Tierra la Iglesia Metodista Unida, en la calle P. Hoff. entre las avenidas Ponce de León y Muñoz Rivera. Su primer pastor fue el reverendo A. B. Leonard. Originalmente se le conoció como iglesia Metodista Episcopal porque la congregación trabajaba conjuntamente con la iglesia La Santísima Trinidad de San Juan, que empezó a funcionar en el 1879. Sin embargo la iglesia de Puerta de Tierra creció rápidamente y para el 1903 aparece en los anuarios de la Conferencia Provisional de Puerto Rico tomando parte con personalidad propia. Ya independientes por completo de la Santísima Trinidad de San Juan.

Después del reverendo Leonard la iglesia estuvo atendida por seminaristas hasta el 1930 en que se nombró al primer pastor boricua: Juan Hernández Valle, quien más tarde se hizo abogado. Muchos de los miembros de la iglesia hacian labor en Barrio Obrero, por lo que surgió más tarde entre 1915 y 1920 la iglesia Metodista San Pablo de Barrio Obrero.

Al paso del tiempo, del 1935 al '40, las tres denominaciones se unieron (episcopal, evangélica y metodista) y la iglesia entonces se convirtió en Iglesia Metodista Unida de Puerta de Tierra. "Esos cambios a nivel denominacional están encaminados al ecumenismo. Y como la iglesia nuestra es la única en Puerto Rico y posiblemente en el mundo que tiene baptisterio, vienen representantes de otras iglesias a bautizar por inmersión. Las demás iglesias metodistas no tienen baptisterio", indica don Juan Retamar, presidente del comité de pastor y parroquia, quien por 40 años fue Maestro de Caballeros de la iglesia.

Como el edificio de la iglesia era una estructura de madera, en 1938 decidieron construir un nuevo templo. El reverendo Ramón Gómez era el ministro de la iglesia en ese tiempo y la misión le envió los planos para la construcción de la nueva estructura. Como el solar era pequeño, los planos que enviaron no se prestaban para la construcción por lo que fueron devueltos y enmendados. Asi que lo que estipularon para construirse hacia los lados lo acomodaron hacia lo alto. "El templo se construyó a un costo de cincuenta mil dólares y la mayoria de ese dinero fue aportado por la misión. Fue entonces que aprovechó el reverendo Gómez para construir el baptisterio, porque no le gustó la broma que le hizo un amigo suyo bautista de que el bautismo en la iglesia no era por inmersión como en otras denominaciones religiosas. La nueva iglesia, siempre en el mismo lugar, se inauguró ese mismo año con la celebración de la Conferencia Anual Provisional de Puerto Rico", según el señor Retamar. Y agrega que la iglesia de Aibonito es igual a la de Puerta de Tierra, con la única diferencia de que el altar está ubicado en otro lugar.

Durante muchos años Puerta de Tierra fue el centro de lo que se conoció como cargos pastorales de San Juan Suburbano. Eran éstos Puerta de Tierra en sí, Santurce y Barrio Obrero. Culminó con el establecimiento de una nueva iglesia: la Iglesia Metodista San Pablo. Para el 1933 contaba con 25 jóvenes líderes, entre ellos, Pedro Pérez y Jorge Class. Juan F. Ramírez, Rafael Ángel Maldonado, Alfonso Torres, y los Vega.....

Los terrenos donde está el templo actual fueron donados por un español. La plataforma, el pulpito, las lámparas del centro y el antiguo vitral fueron inaugurados con el templo en 1938. La congregación contaba con 150 hermanos miembros y con un coro de damas.

El Reverendo David López, se dedicó durante la década del 90 del siglo pasado, a afianzar el programa de la Iglesia, a embellecer su templo y a renovar sus facilidades. El Pastor López prestó especial atención en la ordenación, restauración y conservación de los documentos históricos: los libros de Registro, los libros de actas oficiales, etc. Cada volumen ha sido minuciosamente encuadernado y debidamente desplegado en una vitrina adecuada, pero bajo llave para su protección.

En 1913, presidiendo el obispo William Burt, se declaró la Misión de Puerto Rico en una Conferencia. Esta abarcaba a San Juan, Aibonito, Arecibo, Camuy, Hatillo, Comerlo, Culebra, Guayama, Aguirre, Arroyo, Utuado, Jayuya, Maunabo, Patillas, Ponce y Vieques. Para 1919, contaba con 55 iglesias, 138 lugares de predicación, 35 ministros y predicadores, y 3,123 miembros. En Santurce, operó el Orfelinato "G. O. Robinson", que le brindaba hogar a un grupo de niñas y además era un centro de enseñanza que abarcaba la escuela elemental. Hoy ha sido remodelado y ofrece enseñanza secundaria. En Hatillo, hubo una institución llamada de esa forma, que daba alojamiento a niños huérfanos.

A pesar de algunas dificultades económicas, esta Misión ha ido en franco progreso. Ha desarrollado un ministerio nacional y ha edificado hermosos templos. En la Conferencia Anual de 1949, se nombró al Rvdo. Tomás Rico Soltero como Superintendente General. Como la Iglesia continuaba expandiéndose, se dividió el campo en dos cargos: uno, de Superintendente del Distrito Oriental y el otro, de Superintendente del Distrito Occidental. Para dar a la juventud orientación cristiana, surgió la Fundación de Estudiantes Metodistas.
En los últimos años, en 1971, para ser exactos, la Iglesia Metodista empezó a demostrar hondas preocupaciones por la realización de un trabajo más efectivo y más en consonancia con la situación que vive el mundo contemporáneo. Se nombró un Comité de Nueva Estructura que hizo varias recomendaciones, entre ellas, que se dividiera el campo metodista en tres distritos, cada cual con un Superintendente. Por fin, se nombró un Superintendente General y tres distritales. El Rvdo. Rafael Boissén ocuparía el primer puesto y los Rvdos. José A. Robles, Bienvenido Güisao y Lino Feliciano los distritos de San Juan, del Noroeste y del Sur Central, respectivamente. Entre algunos cambios, el nombramiento del Rvdo. Gildo Sánchez como Superintendente Conferencial.

Su iglesia madre es la Iglesia Metodista Unida de los Estados Unidos, Nueva York, Estados Unidos, con la que la IMPR mantiene relaciones cercanas y fluidas. Es miembro del CLAI (Consejo Latinoamericano de Iglesias) y de la Conferencia de Iglesias del Caribe. Es asimismo miembro del Seminario Teológico de Puerto Rico. 

En 1972, la IMPR recibió cierta autonomía, para convertirse finalmente en una iglesia totalmente autónoma en 1992. Interviene en proyectos de educación, atención diurna, escuelas de primaria y secundaria, así como en la defensa de los derechos humanos.

Fuentes
-Rev. Gildo Sánchez Figueroa, Hacia un siglo de historia, revista Visión Metodista, Año2-Núm 1, diciembre de 1996 - enero 1997.
- Periódico El Mundo. Sábado, 29 de octubre de 1983